Jēkabpils 3.vidusskola piedāvā vispārējās vidējās izglītības programmu ar 5 padziļināto kursu komplektiem:
1) humanitārais (valodu) virziens;
2) humanitārais (mākslu) virziens;
3) dabaszinātņu virziens (medicīna, farmācija);
4) vides zinātnes, lauksaimniecība;
5) matemātikas, inženierzinātņu virziens.
No 2022./23.m.g. tiek piedāvāts izvēles kurss Valsts aizsardzības mācībā.
- Skolā ir dienesta viesnīca.